Istorija
1948 m.
Vilniaus m. 3-iojoje vidurinėje mokykloje (Subačiaus g. 17) įsteigiamos kelios klasės, kuriose buvo mokomi vaikai, turintys proto negalią.
1951 m.
Pagalbinė mokykla sujungiama su 9-aisiais vaikų namais.
1956 m.
Mokykla perkeliama į naujas patalpas Kosciuškos g. 18 ir vadinama 2-ąja pagalbine mokykla. Pagerėja mokslo ir darbo sąlygos, didėja mokinių ir mokytojų skaičius. Ypatingas dėmesys skiriamas darbiniam ugdymui.
1971 m.
2-oji pagalbinė mokykla reorganizuojama į 3 – ąją pagalbinę internatinę mokyklą (Verkių 62) ir 2 –ąją pagalbinę mokyklą (Kosciuškos 18). Verkių g. 62 – naujas mokyklos pastatas su šviesiomis klasėmis, mokomaisiais kabinetais, erdviomis dirbtuvėmis ir internatu. Tai tikra darbinio mokymo mokykla, kurioje mokėsi per 320 moksleivių ir buvo ruošiami batsiuviai, staliai, šaltkalviai, mezgėjos, siuvėjos, knygrišyklos darbininkai.
1974 m.
Mokykla tampa respublikos darbų mokytojų profesinio mokymo baze. Pedagogai nuolat kelia savo profesinę pedagoginę kvalifikaciją.
1978 m.
Devynmetė mokykla su sustiprintu darbiniu mokymu.
1980 m.
Dešimtmetė mokykla su sustiprintu darbiniu mokymu.
1995 m.
Pakeistas pavadinimas į Vilniaus 3 – ąją specialiąją mokyklą.
2005 m.
Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2005 m. rugsėjo 7 d. sprendimu Nr. 1-915 pakeistas pavadinimas į Vilniaus Verkių specialioji mokykla.
2012 m.
Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2012 m. liepos 18 d. sprendimu Nr. 1-744 pakeistas pavadinimas į Vilniaus Verkių specialioji mokykla-daugiafunkcinis centras.
2013 m.
Vilniaus miesto savivaldybės tarybos 2013 m. gegužės 15 d. sprendimu „Dėl Vilniaus „Rasos“ specialiosios mokyklos reorganizavimo“ Nr. 1-1230 prijungiama Vilniaus „Rasos“ specialioji mokykla ir pakeistas pavadinimas į Vilniaus Verkių mokykla-daugiafunkcis centras.